До организации Аптекарского Приказа роль аптек во многих городах выполняли «зелейные лавки», «зелейники» собирали лекарственные травы и продавали их. Одновременно они занимались и врачеванием, совмещая в одном лице две профессии-аптекаря и врача.

В 1701 г. были изданы указы Петра І о закрытии зелейных лавок и открытии аптек. До этого времени в Москве было всего две аптеки, одна из которых была основана ещё при Иване Грозном, когда в Москву прибыл присланный по просьбе царя королевой Елизаветой английский аптекарь Джеймс Френчем; и вторая, служившая для снабжения медикаментами войск, основанная в 1673 г. Эти указы имели как положительное, так и отрицательное значение.

Разрешая открытие аптек, Пётр І не учёл того, что зелейные лавки были в действительности самобытными русскими аптеками, не похожими на иностранные.

Среди зелейников было много людей, которым были хорошо известны секреты лекарственных растений и способы приготовления из них лекарств: в древних русских травниках и зельниках приводилось несколько сот видов лекарственных растений. Они могли бы создать истинно русскую фармацевтическую школу, за которую несколько позже ратовал М.В. Ломоносов.